Los límites de este Parque consisten casi totalmente en cordones montañosos, como el de las Pabas, de más de 2.000 m. de altura, Cerro Negro y Los Picachos.
Algunos ríos y arroyos, como el Lipeo, Porongal, Baritú, Pescado y otros, serpentean entre la abrupta topografía y corren torrentosos por desfiladeros abismales, hasta desembocar finalmente en el Río Bermejo.
A diferencia de otros parques andinos patagónicos, los bosques de esta reserva se encuentran cercanos a la costa marítima. Los cordones montañosos paralelos entre sí cruzan el parque con dirección noroeste a sureste y lo dividen en valles de muy difícil acceso.
El Parque está encerrado por cordones montañosos que descienden gradualmente hasta el valle central, conformando un inmenso anfiteatro de singular belleza. Desde los cerros bajan las aguas de los numerosos arroyos que confluyen finalmente en un único río, el Popayán.
La Laguna de los Pozuelos posee una superficie fluctuante de aproximadamente 15.000 hectáreas. Entre los años 1990 y 1995 ha sufrido una continua retracción, llegando a tener una superficie de 100 hectáreas en los períodos más secos. Se encuentra ubicada en una planicie de altura, a 3.600 metros sobre el nivel del mar, rodeada de cordones montañosos. Esta laguna concentra una rica y variada avifauna acuática -que incluye unas 44 especies- motivo de la creación del Monumento Natural.