El museo posee importantes colecciones paleontológicas y arqueológicas de interés científico y didáctico. La colección paleontológica se conforma de elementos fósiles representantes de especies extinguidas de más de 40 millones de años de antigüedad y más de 3.000 elementos fósiles documentados e informatizados. Mastodontes, megaterios, gliptodontes, toxodontes, insectos conservados en ámbar, dinosaurios y ancestros humanos integran entre otros los materiales expuestos en el museo. La colección arqueológica está integrada por materiales líticos, cerámicos y óseos. |