Los recintos que lo componen corresponden a: Paleontología y Minería; Arqueología; Historia y Folklore; y Arte Infantil. Las piezas que en su interior se exhiben son de gran valor científico y museístico. Entre ellas se destacan amonites de más de 150 millones de años, material lítico del siglo pasado, monedas acuñadas en 1888 para circulación interna con el nombre del Gral. Rufino Ortega, minerales de la zona, troncos petrificados y especialmente una reconstrucción de un ictiosauro de 100 millones de años que fue hallado en las cercanías de la Cueva de las Brujas.
La caminata dentro de la Caverna de Las Brujas es de unos 400 mts, con una duración de 2 hs aproximadamente su recorrido. Al ingresar se provee de cascos y linternas y el guía debe acompañarlos en todo el trayecto. Se aconseja ingresar con zapatillas para trekking, de suela de goma labrada. La 1º gran sala de acceso a la caverna se llama "Sala de la Virgen". Allí las estalagtitas han formado una figura que se asemeja a la imagen de la virgen.
El IN.A.E, Instituto Argentino de Investigaciones Espeleológicas, recibió los informes de un investigador extranjero que realizó estudios de muestras tomadas de Caverna de las Brujas, que permiten saber más sobre cambios ambientales que se produjeron en la región.
A.E., visitó Caverna de Las Brujas para hacer un nuevo muestreo, también con autorización de la DRNR, en una galería cercana a la llamada “Sala de Las ...
Las Cavernas de las Brujas, fabulosa formación natural ubicada en la sueña ciudad mendocina de Malargüe (se accede por la ruta nacional 40), es un maravilloso atractivo turístico cada día más visitado.
Es un área de gran belleza, donde el agua ha cavado profundas galerías subterráneas, tallando diversas formas muy singulares de estalactitas y estalagmitas. Allí en la sala de la Virgen y Las Flores se encuentran amplios espacios abovedados.