Entre los mamíferos de mayor porte es característico el tapir, cuyas grandes huellas pueden verse en los senderos y bordes de cursos de agua. Otras especies comunes son el pecarí de collar, el zorro de monte, el coatí, el agutí y el mono cai.
La Quebrada del Condorito, que da nombre al área protegida, es un profundo cañadón en forma de “V” de 800 metros de altura y 1500 metros en su parte más ancha; desde cuyos bordes superiores es factible observar a casi el mismo nivel el suave planeo de los cóndores andinos.